一行R代码实现繁琐的可视化

One Line of Code to ggplot2 Popular R Packages

Posted by Yuan Tang on November 24, 2015

ggfortify 有着简单易用的统一的界面来用一行代码来对许多受欢迎的R软件包结果进行二维可视化的一个R工具包。这让许多的统计学家以及数据科学家省去了许多繁琐和重复的过程,不用对结果进行任何处理就能以 {ggplot} 的风格画出好看的图,大大地提高了工作的效率。

虽然ggfortify已经在CRAN上,但是由于最近很多的功能都还在快速增加,还是推荐大家从Github上下载和安装

library(devtools)
install_github('sinhrks/ggfortify')
library(ggfortify)

接下来我将简单介绍一下怎么用 {ggplot2}{ggfortify} 来很快的对PCA, clustering, 以及LFDA的结果进行可视化。然后将简单介绍用 {ggfortify} 来对时间序列进行迅速的可视化。

PCA (主成分分析)

{ggfortify} 使 {ggplot2} 知道怎么诠释PCA对象. 加载好 {ggfortify}包之后, 你可以对stats::prcompstats::princomp对象使用 ggplot2::autoplot

library(ggfortify)
df <- iris[c(1, 2, 3, 4)]
autoplot(prcomp(df))

你还可以选择数据中的一列来给画出的点按类别自动分颜色。输入help(autoplot.prcomp) 可以了解到更多的其他选择。

autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species')

比如说给定label = TRUE 可以给每个点加上标识(以rownames为标准),也可以调整标识的大小。

autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species', label = TRUE, label.size = 3)